El IIDTHH tendrá por misión favorecer y propiciar el planteamiento, presentación  y ejecución de programas, proyectos y actividades científicas y tecnológicas que, encuadradas en las líneas de investigación preferentemente significativas para la región NEA, se orienten a la producción de conocimientos que permitan visibilizar las desigualdades, desequilibrios, inequidades e injusticias socio-territoriales y, al mismo tiempo, expongan o exhiban resultados que permitan mitigar estas asimetrías y brindar instrumentos para la gestión e intervención territorial